Fundado en la década de 1950 por artistas de la ciudad, entre ellos Juan José Arreola, el museo exhibe piezas de las culturas prehispánicas de Occidente (coras, huicholes, nahuas costeños, purépechas), más piezas virreinales y una colección de bocetos del pintor José Clemente Orozco.

Exhibe una muestra arqueológica de las culturas del occidente de México, piezas coloniales, fotografías de personajes históricos y bocetos del pintor José Clemente Orozco. Fundado en los años cincuenta del siglo XX a iniciativa de un grupo de artistas e intelectuales denominado Arquitrabe, del cual formó parte Juan José Arreola, este museo fue incorporado a la red del INAH en 1956. Cuenta con dos áreas de exposición permanente y una para exposiciones temporales. La sala Arqueología de Occidente presenta un panorama general del desarrollo social, económico y político de las culturas prehispánicas en esta región de México, mediante interesantes piezas de piedra y cerámica, así como algunos restos óseos de entierros. Por su parte, la exposición de objetos de la etapa colonial, entre los que destacan una pila bautismal y un Cristo del siglo XVII, muestra lo importante que fue la conquista espiritual para el control de la región sur del estado de Jalisco. Dentro del museo también es posible admirar obras del ilustre pintor jalisciense José Clemente Orozco realizadas entre 1930 y 1937.