En uno de los mejores fuertes del Virreinato, de fines del siglo XVIII, se muestran dos colecciones únicas: las máscaras funerarias de jadeíta de Calakmul, y las figuras funerarias de cerámica de Jaina. A ello se suman notables esculturas mayas de piedra. El fuerte, tanto por su arquitectura como por su rico acervo, influyó en el nombramiento de la ciudad de Campeche, por parte de la UNESCO en 1999, como Patrimonio Cultural de la Humanidad.

El Museo de Arqueología Maya, Fuerte de San Miguel es una construcción de siglo XVII, la cual forma parte del sistema de protección externo compuesto por dos fuertes sobre las colinas y cuatro baterías de costa. Se integra en el nombramiento de la ciudad de Campeche, por la UNESCO en 1999, como Patrimonio Cultural de la Humanidad, en su carácter de "Ciudad Histórica Fortificada".


En 1963, el edificio fue rehabilitado para instalar el Museo de Armas y Marinería; en 1978 su colección fue sustituida para dar paso al Museo de Arqueología Maya. En 1999 se llevó a cabo una intervención del inmueble en cuanto a su mobiliario museográfico, y se enriqueció la colección con piezas procedentes de las diversas zonas arqueológicas del estado.


Cuenta con dos colecciones: la primera reúne las máscaras funerarias de jadeíta, procedentes de las tumbas de los Señores de Calakmul; la segunda reúne figurillas funerarias de la isla de Jaina. Otras piezas significativas son la vasija con tapa de iguana, que deja ver un gran contenido de ideas religiosas expresadas de manera iconográfica, y el cajete con tapa en forma de cabeza de jaguar negro o sol nocturno, ambas rescatadas de la zona arqueológica de Becán. De la Casa de los Itzaes o Edzná proviene la escultura pétrea en forma de tambor, en la cual aparece la imagen de una reina.


La fortificación de las costas de Nueva España respondió a una historia larga. Los reyes Borbones de Francia, España y Nápoles con Sicilia (la mitad sur de la Península Itálica) sellaron en el siglo XVIII una serie de “pactos de familia” que los llevó a enfrentar, o a promover, onerosas guerras, entre ellas la Guerra de Siete Años (1756-1763), a raíz de la cual el Imperio Español perdió la Florida y tuvo que reconocer el derecho británico de establecerse en Belice.


La Península de Yucatán, que con Florida “cerraba” el Golfo de México, enfrentó entonces una situación precaria; ya a mediados del siglo XVIII habían atacado los piratas ingleses el puerto de Campeche, y los galeones españoles que llevaban la plata de Nueva España y el oro del Perú —con muchas otras mercaderías, incluso las orientales que entraban por Acapulco— sufrían regularmente los asaltos de piratas ingleses y holandeses. La administración española ideó entonces dotar las costas novohispanas con una serie de fuertes, según plan del brigadier de infantería Agustín Crame, entre ellos el de San Miguel de Campeche en el cerro de La Eminencia, al suroeste de la ciudad, el cual se terminó de construir en 1779, junto con las baterías de costa de San Luis y San Fernando, con una capacidad de fuego que volvía muy difícil el desembarco enemigo. Supervisó la obra el teniente del rey don Leandro Poblaciones.


Abandonado el fuerte después, en la época independiente pasó a cargo de la Secretaría de Guerra, y hasta 1963, adscrito ya al INAH, comenzó su restauración. Dos años después se lo inauguró como museo de arqueología, y en 1999 fue enriquecido y reinaugurado con valiosas piezas procedentes de variadas zonas del estado.