Dedicado a difundir el patrimonio arqueológico, antropológico e histórico de Chiapas, este museo fue reinaugurado el 14 de septiembre de 1984, cuando ocupó un nuevo inmueble diseñado por el arquitecto Juan Miramontes Nájera, cuyo proyecto obtuvo el primer premio en la Tercera Bienal Internacional de Arquitectura, celebrada en la ciudad de Sofía, Bulgaria, en 1985. Así concluía el largo recorrido que hizo desde su creación, en 1932, hasta llegar a su casa definitiva.

El primer Museo Regional Arqueológico e Histórico de Chiapas se debió al esfuerzo de los profesores Fernando Castañón, Marcos Enrique Becerra y Alberto Culebro, quienes organizaron la primera colección de objetos chiapanecos y la depositaron para su exhibición en el edificio de la Biblioteca Pública del Estado, a un costado de la Catedral de San Marcos, en el corazón de Tuxtla Gutiérrez. A finales de la década de los treinta, ya fundado el Instituto Nacional de Antropología e Historia, el museo pasó a depender de esta nueva institución, y en 1940 se trasladó a la que fuera morada del Dr. Rafael Grajales, en el centro de Tuxtla. Posteriormente, en 1952, se instaló en el llamado Palacio de la Cultura, edificio que hoy ocupa la Universidad de Ciencias y Artes de Chiapas, y en 1979 se mudó de nuevo al Parque Madero, para instalarse en una construcción originalmente destinada al Instituto Botánico.

La actual sede del Museo Regional de Chiapas consta de dos grandes salas. La primera, denominada Arqueología y localizada en la planta baja del edificio, se dedica a la época prehispánica, desde la prehistoria y el periodo Preclásico (2000-1000 a.C.), hasta el Clásico (300-900, época de auge de las culturas maya y zoque) y el Posclásico, etapa posterior a la caída de las grandes ciudades mayas y de conquista del Soconusco por parte de los mexicas. Su recorrido nos permite acercarnos a las ideas, tradiciones y tecnología que fueron parte de la vida cotidiana de los antiguos pobladores del actual territorio chiapaneco.

La segunda sala, llamada Historia y ubicada en la planta alta, comprende desde la llegada de los españoles en 1524, cuando se inició la colonización de Chiapas, hasta principios del siglo XX, pasando por el Virreinato, la Independencia, la Reforma, el Porfiriato y la Revolución Mexicana. Exhibe armas, objetos de uso conventual, documentos trascendentes de la vida política del estado, pinturas y objetos de uso cotidiano, así como réplicas de detalles arquitectónicos de construcciones religiosas, como el arco policromado de la iglesia de la Merced de San Cristóbal de Las Casas y las ajaracas (ornamentación árabe y mudéjar) de los ex conventos de Tecpatán y Santo Domingo de Chiapa de Corzo.