En el laboratorio de Arqueozoología se realiza el estudio de los restos y las representaciones animales, tanto arqueológicos como paleontológicos, asociados a su contexto. El objetivo de los estudios es tratar de explicar la relación que existió entre el hombre, la fauna y el ambiente, en un espacio y un tiempo determinados. La función primordial es estudiar los restos de fauna y sus representaciones culturales, para tratar de deducir cómo fue la relación entre los animales y los grupos humanos, en una temporalidad que va  desde que el hombre aparece en México hasta nuestros días. Este tipo de estudios parte, invariablemente, de la identificación taxonómica  de las especies presentes , lo cual se logra con base  en el conocimiento del especialista apoyado en bibliografía especializada  y en las colecciones oteológica, malacológica, paleontológica y arqueozoológica del laboratorio.